EA同时也公开了不少故事情节方面的资料。据悉，与之前的作品类似，《红警3》也会涉及时间旅行、改变历史进程：注定失败的苏联的领导人孤注一掷，试图返回过去改变历史，期盼恢复俄国祖国的荣耀。然而，时间旅行任务却意外出错，产生了科技发展截然不同的错置时空，世上出现了一个新兴超级强权——日本维护了环太平洋帝国，并逃过了第二次世界大战，太阳帝国就此崛起。欧美联盟、苏联和太阳帝国之间展开了第三次世界大战。

新的时间线也带来了大量新式科技，因此造就了很多古怪的惊人武器，比如“特斯拉线圈、作战飞艇、心灵传输、装甲熊、智能海豚、浮动岛屿要塞、变形坦克”。

美商艺电指出，《终极动员令：红色警戒 3》由 EALA 负责研发，主轴着眼于“如果…会如何？”，例如如果过去七十年来所有稀奇古怪的研究计画和科学实验都得以实现会如何？如果“费城实验”、时间旅行理论、传送机制、隐形能力、电磁科技，以及数百种其他暗中研究的计画全都成功且成为主流又会如何？如果苏联得以续存并繁荣兴盛，未来的十年内会有什么样的发展？如果日本帝国未被击败，反而成为超级高科技军事强权会产生什么样的光景？这些结果将产生虚构有趣、充满各种可能性的错置未来时空。